从内部控制理论出发，全面分析科研经费管理过程中的风险与问题，发现公立医院普遍存在内控组织架构保障体系薄弱、科研项目预算管理有待加强、经费收支控制机制存在风险、项目验收评价体制亟须完善等问题，研究提出在智慧医院背景下建设科研经费管理创新型平台的管理思路，通过重塑组织架构、梳理预算流程、革新收支控制、完善验收标准等方式，构建智能审核系统与建立费用云图分析。在平台内部实现全流程科研经费动态化信息化管理，助力我国公立医院科研经费管理效能实现全面提升。