我国基本医疗保险基金相关主体间法律关系发生了新的变化，目前我国基本医疗保险基金法律关系不完善,具体表现为基础法律关系主体工作落实不具体、行政法律关系客体所属权不明确、部门协作机制不畅通和监督法律关系内容不明晰等。研究发现,基本医疗保险基金法律体系不健全、管理人员专业素质参差不齐、行政法律关系不断变化和医保基金监管部门权限厘定不清等因素是造成医保基金存在问题最主要的因素。因此,应该通过健全完善基本医疗保险基金立法机制、加强基本医疗保险政策宣传、加强医保基金监管人员专业素质建设和建立协同合作的基本医疗保险监督体系等措施来完善我国基本医疗保险基金法律关系。