通过DEA-Malmquist模型对2007—2017年全国31个省（自治区、直辖市）的23所中医类高等院校和44所医科类高等院校的科技创新效率进行测度与评价。研究发现，中医类高等院校的科技创新效率高于医科类高等院校且规模效率表现更佳，但在管理水平方面医科类高等院校优于中医类高等院校。全要素生产率指数表明，中医类高等院校与医科类高等院校的科技创新进步均受到低技术水平的制约。Malmquist指数的分解情况显示，中医类高等院校管理水平的提升更加明显，医科类高等院校的规模效率得到了有效提高，说明两类医学院校都对技术效率的薄弱环节进行了优化。高等医学院校科技创新效率存在地区差异，综合技术效率的结果为西部>中部>东部。西部地区高等医学院校的科技创新效率最高，可以增加投入以提高产出；中部地区高等医学院校的组织管理水平还有待提高；东部地区高等医学院校的组织管理与规模配置都处在落后水平，存在严重的资源浪费现象。